Podczas spotkania w Hamburgu w 2007 roku niemieccy i austriaccy przedstawiciele pracowników farmacji rozpoczęli pracę nad projektem EPhEU. W 2008 roku skontaktowali się z kolegami z Francji, w wyniku czego wiosną 2009 roku, na ponownym spotkaniu w Hamburgu na targach Interpharm, zdecydowano o połączeniu sił i utworzeniu takiej organizacji.

Następne organizacje powstały w Belgii oraz Chorwacji. Podczas różnych spotkań, które odbyły się w kolejnych latach, zapadła decyzja o założeniu organizacji w Austrii i do 2012 roku pracowano nad statutami. Wreszcie ustanowiono powstanie EPhEU – organizacji europejskiej reprezentującej interesy osób zatrudnionych w sektorze farmaceutycznym. W 2016 roku, podczas Zgromadzenia Ogólnego, podjęto decyzję o udzieleniu Polsce wsparcia finansowego i utworzeniu, wspomnianego już, Związku Zawodowego Pracowników Farmacji.